Finalize 6.1.20081116a-1 for upload to experimental (unstable still
being frozen).

doc/man/*.1: update for latest release; document new apps.

doc/fwd_check.sh: use mktemp rather than predictable names (formally
CVE-2008-5149).

make/make{demo,net}.unx: link asn2gb, debruijn, subfuse, and taxblast correctly.

debian/rules (clean): drop stray references to CDBS's debian/stamp-*.

debian/ncbi-tools-x11.{postinst,prerm}: run update-alternatives
without an explicit path, per Lintian.

debian/libncbi6-dev.install: add the new headers ace{read,rdapi}.h.

debian/{blast2,ncbi-tools-bin}.install: add the new apps taxblast and
subfuse, respectively.

debian/rules: resync VIB with makedis.csh, adding the new app taxblast.

debian/lib{ncbi6,vibrant6a}.symbols: update for new release.

Merge bug-fix (6.1.)20081116a release into trunk.

[svn-upgrade] Integrating new upstream version, ncbi-tools6 (6.1.20081116a)

Merge new upstream release ([6.1.]20081116) into trunk.

[svn-upgrade] Integrating new upstream version, ncbi-tools6 (6.1.20081116)

Finalize 6.1.20080302-3 for upload to unstable.

tools/readdb.c: enable madvise()-based code on all glibc (hence all
Debian) systems, not just Linux.  (Closes: #490437.)

Inaugurate work on 6.1.20080302-3.

Finalize 6.1.20080302-2 for upload to unstable.

Declare compliance with Policy 3.8.0.  (No changes needed.)

debian/makemenu: stop generating obsolete linda overrides.

Migrate from CDBS to Debhelper 7 (along with dpkg-dev >= 1.14.17),
replacing some files with equivalent symlinks.

Inaugurate work on 6.1.20080302-2.

Finalize 6.1.20080302-1 for upload to unstable.

debian/makemenu: drop obsolete Encoding key from generated .desktop files.

debian/*.doc-base*: modernize (and correct) section assignments per
doc-base 0.8.10: science -> Science/Biology, net -> System/Administration.

debian/{control,rules,*.override}: rename Lintian overrides to
$pkg.lintian-overrides and employ dh_lintian from debhelper (>= 6.0.7)
in lieu of custom logic.

debian/{control,rules}: require cdbs 0.4.51; drop workaround for #462130.

debian/control: tighten dependencies between binary packages.

Fix newly introduced unescaped "-" bugs (oops)

doc/man/{blast,cleanasn,nps2gps,tbl2asn}.1: resync with help output.

doc/man/*.1: correct usage of ' and -.

debian/ncbi-tools-bin.docs, doc/man/tbl2asn.1: belatedly ship
tbl2asn.txt, and restore tbl2asn.1's reference thereto.

debian/lib{ncbi,vibrant}6-dev.install: ship new headers.

debian/lib{ncbi6,vibrant6a}.symbols: update and clean up.

Merge new upstream release (6.1.20080302) into trunk.

[svn-upgrade] Integrating new upstream version, ncbi-tools6 (6.1.20080302)

Finalize 6.1.20070822-5 for upload to unstable.

debian/control: clean up crufty relations, assuming a build
environment of at least etch (stable) and an installation environment
of at least sarge (oldstable).

debian/watch: move unsupported downloadurlmangle option to a comment
so that uscan actually works.

debian/lib{ncbi6,vibrant6a}.symbols: new, to allow looser reverse dependencies.

debian/{compat,control,rules}: advance to Debhelper 6, with a
temporary workaround for CDBS bug #462130.

debian/{control,rules}, make/make{all,demo,net}.unx: adjust makefiles
for compatibility with GNU Make 3.81, and switch back from pmake.

Inaugurate work on 6.1.20070822-5.

Finalize 6.1.20070822-4 for upload to unstable.

debian/control: declare compliance with Policy 3.7.3.

debian/{installman,ncbi-tools-x11.links}: make symlinks automatically.

debian/libncbi6.dirs: dropped, not actually pointful.

debian/control: give blast2 its own Homepage field.

doc/man/tbl2asn.1: drop obsolete reference to tbl2asn.txt.

debian/watch: reformat, as the old version didn't actually have the
desired semantics (which uscan doesn't actually support AFAICT :-/).

make/make{demo,net,shlb}.unx: ensure that every shipped executable and
shared library links against everything it uses directly and nothing
else, per dpkg-shlibdeps's new warnings.

debian/control: enable ${shlibs:Depends} for libncbi6-dev, which
contains a couple of utilities in addition to its other contents.

Inaugurate work on 6.1.20070822-4.

Finalize 6.1.20070822-3 for upload to unstable.

debian/control: fix typo (ncbi-tools-data for ncbi-data) that left
ncbi-tools-x11 uninstallable. :-/

Inaugurate development on 6.1.20070822-3.

Finalize 6.1.20070822-2 for upload to unstable.

debian/{man.unused,old-blast-man,shlibs.local}: remove (obsolete
cruft; shlibs.local contained only comments anyway.)

debian/{control,makemenu,rules,*.desktop.in}: supply XDG desktop
entries and icons for inherently graphical apps.  (Closes: #448031.)

debian/control: set Homepage.

Inaugurate development on 6.1.20070822-2.

Finalize 6.1.20070822-1.

Update list of built but unwanted executables.

Drop obsolete Entrez 1 clients (entrcmd, Nentrez).

Update man pages.

debian/makemenu: fix section assignments per menu policy 2.1.35.

vibrant/vib{main,wndws.c}: restore sane behavior in key corner cases
(no Nlm_Main, no DISPLAY).

debian/*.install: update for the disappearance of getfeat and netentcf
and the addition of a pair of headers, both bound for libncbi6-dev.

debian/{control,rules}: ncbilogo.ico now contains multiple variants;
use icotool from icoutils to extract the right one to convert.

Call Nlm_Main only if it's actually defined.

Fully clean up after merge.

Merge new upstream release (6.1.20070822) into trunk.

[svn-upgrade] Integrating new upstream version, ncbi-tools6 (6.1.20070822)

Finalize 6.1.20061015-2.

debian/libvibrant6a.override (new): suppress lintian warnings about
the package name not precisely matching any SONAME.

debian/makemenu: correct vibrate's package requirement to libvibrant6a
(closes: #429955, #429956); generate appropriate linda overrides (for
command-not-exist), another "problem" with the setup.

debian/installman: don't append .gz to *.htm(l) files' paths, as
dh_compress (rightly) excludes them by default.  (Closes: #412651.)

Finalize 6.1.20061015-1.

Limit libncbi6's conflicts on ncbi-tools-bin et al. to << 6.1.20060507-1,
as of which they declare suitably strict versioned dependencies themselves.

Fix formatting glitch (run-together paragraphs) introduced in previous
revision.

Update man pages.

Don't bother linking against indirectly used system libraries.

Merge new upstream release (6.1.20061015) into trunk.

Load /tmp/.../ncbi-tools6-6.1.20061015 into
branches/upstream/current.

Finalize 6.1.20060507-3.

Explicitly build depend on modular versions of *all* relevant X
libraries, per the other issue in #373971 (and to ensure that the arm
autobuilder's failure mode *really* can't recur).

Make debian/stamp-setup a dependency of common-configure-indep as well
as common-configure-arch so that building via an immediate call to
"fakeroot debian/rules binary" works properly, per #373971.

Drop stale (and inactive) references to libvibrant6.

Add a closer for #322059 ("Provides 2 dummy packages, still needed?")

Migrate to lesstif2, renaming libvibrant6(-dbg) to libvibrant6a(-dbg)
to avoid any possibility of version skew.  [Lesstif lacks versioned
symbols, though admittedly so does Vibrant.]  (Closes: #374233.)

Drop transitional packages, which are now entirely redundant thanks to
the binNMU of clustalx for i386 earlier this June.

Inaugurate 6.1.20060507-3.

Finalize 6.1.20060507-2 and pray for the best.

Further increase cdbs's minimum required version to the brand new
0.4.40, which automatically sets DEB_DBG_PACKAGE_* appropriately.

Version the build-dependency on libxmu-dev to (>= 1:1) to ensure that
we *can* actually drop -I/usr/X11R6/include and -L/usr/X11R6/lib,
avoiding the failure mode observed on the arm autobuilder.

Inaugurate work on 6.1.20060507-2.

Finalize 6.1.20060507-1.

-usr/include/ncbi/wrpsb*.h (long gone, but caught only in debhelper
compatibility level 5)

Ensure that ncbi-data Replaces: older versions of libncbi6 and
libvibrant6 from which support files have migrated.

Standards-Version: 3.7.2.